La destrucción de los hábitats, el cambio climático, las especies invasoras, la deforestación, la sobreexplotación de los recursos naturales, la caza ilegal y el tráfico de especies, el crecimiento urbanístico, la creación de infraestructuras sin la adecuada evaluación de su impacto ambiental o la contaminación son algunas de las amenazas que ponen en riesgo la rica diversidad biológica de estos países. Del mismo modo, la mayoría de las zonas calientes de biodiversidad ("hotspots"), regiones en las que hay una gran cantidad de especies pero con un hábitat en peligro, se ubican en estos países.
Para tratar de hacer frente a estas amenazas, y conservar su rica variedad biológica, en 2002 se creó en México el Grupo de los Países Megadiversos Afines. En la actualidad está compuesto por Argentina, Australia, Bolivia, Brasil, China, Colombia, Costa Rica, Ecuador, Filipinas, India, Indonesia, Kenia, Malasia, México, Perú, Sudáfrica y Venezuela.
Los responsables de estos países firmaron la Declaración de Cancún, un acuerdo de consulta y cooperación para promover la conservación y el uso sostenible de su diversidad biológica. Algunos de sus objetivos son inéditos en el área de la conservación natural. Entre ellos, se establece la decisión de negociar los mecanismos de acceso y comercio de los recursos naturales, de manera similar al de los países exportadores de petróleo. Además, se manifiesta la necesidad de impulsar un régimen internacional que resguarde la distribución equitativa de los beneficios derivados de la diversidad biológica, o que combata la apropiación indebida de recursos genéticos.
